スパークプラグを追ってセイバートロン星にやってきたスパイクとサイバトロン戦士は、デストロンの基地で人間奴隷化の秘密を突き止めることに成功する。一方、滅亡の時が刻一刻と迫る地球で、コンボイは遂にデストロンに最終決戦を挑んだ。戦いの最中、メガトロンらは今まさに破滅を迎えんとしている地球から、大量のエネルゴンキューブを持って宇宙船で脱出しようとしていた。果たして地球とサイバトロンの運命はどうなってしまうのだろうか？