ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント・ポケモントライアスロン。これは、一週間にわたって学んだことや体験したことを生かし、ポケモンと協力して３つの難関を乗り越えゴールする競技だ。まずはスタート地点でスクールから用意されたモンスターボールを選び、中に入っているポケモンと共に森を抜け湖へ向かう。そしてそこで、次のモンスターボールを選んで水タイプのポケモンと湖を渡り、最後は自分のパートナーのポケモンたちと一緒にゴールを目指すのだ。コウヘイ（声：水戸耕三）のいる青組に続いて２位のサトシたち赤組は、このポケモントライアスロンで逆転優勝を狙う。果たして優勝するのはいったいどのクラスなのか？

【出演者】
サトシ：松本梨香、ピカチュウ：大谷育江、ヒカリ：豊口めぐみ、タケシ：うえだゆうじ、ムサシ：林原めぐみ、コジロウ：三木眞一郎、ニャース：犬山イヌコ、ポッチャマ：小桜エツ子、ナナカマド博士：家弓家正、シンジ：古島清孝、ナレーション：石塚運昇

【シリーズ構成】
冨岡淳広
【脚本】
武上純希
【総監督】
湯山邦彦
【監督】
須藤典彦
【主題歌】
オープニング：「Together2008」／あきよしふみえ
エンディング：「風のメッセージ（PokaPoka-VERSION.）」／水橋舞
【製作】
テレビ東京、メディアネット、小学館プロダクション

ポケモンサマースクール５日目のプログラムはゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れ合い方を学ぶこと。ルールはクラスごとにペアをつくり、近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭にもどってくるという、いわば肝試しだ。そこで、サトシはアオイ（声：日野未歩）と、ヒカリとタケシはそれぞれクラスメートとペアを組むことに。一方、青組のコウヘイ（声：水戸耕三）はなぜか、スクールに参加していないはずの小さな女の子に誘われペアを組むことになる。そんな中、遺跡を目指す途中でヒカリは、霊界に人を連れて行くという“てづかみポケモン”のヨノワールにコウヘイが襲われているところを目撃する。ところが、そこには一緒にいたはずの小さな女の子の姿が無かったのだ。これって一体どういうこと！？

【出演者】
サトシ：松本梨香、ピカチュウ：大谷育江、ヒカリ：豊口めぐみ、タケシ：うえだゆうじ、ムサシ：林原めぐみ、コジロウ：三木眞一郎、ニャース：犬山イヌコ、ポッチャマ：小桜エツ子、ナナカマド博士：家弓家正、シンジ：古島清孝、ナレーション：石塚運昇

【シリーズ構成】
冨岡淳広
【脚本】
武上純希
【総監督】
湯山邦彦
【監督】
須藤典彦
【主題歌】
オープニング：「Together2008」／あきよしふみえ
エンディング：「風のメッセージ（PokaPoka-VERSION.）」／水橋舞
【製作】
テレビ東京、メディアネット、小学館プロダクション

ポケモンサマースクール３日目のプログラムはポケモンの観察。スクールの近くにある湖にいる水タイプのポケモンたちとふれあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというものだ。さっそく湖へ向かったサトシたちは、自分の選んだ水タイプのポケモンたちをスケッチしたり、一緒に泳いだりして観察する。すると突然、湖の奥で青い光が輝き、アオイ（声：日野未歩）のコリンクがいなくなっていることに気づくサトシたち。そんな時、一緒にいた青組のコウヘイ（声：水戸耕三）から、この湖には「青き不思議な光輝く時、ポケモンがいなくなる」という伝説があるという事を聞く。果たしてコリンクの行方は？そして、青い光の正体とはいったい？

【出演者】
サトシ：松本梨香、ピカチュウ：大谷育江、ヒカリ：豊口めぐみ、タケシ：うえだゆうじ、ムサシ：林原めぐみ、コジロウ：三木眞一郎、ニャース：犬山イヌコ、ポッチャマ：小桜エツ子、ナナカマド博士：家弓家正、シンジ：古島清孝、ナレーション：石塚運昇

【シリーズ構成】
冨岡淳広
【脚本】
武上純希
【総監督】
湯山邦彦
【監督】
須藤典彦
【主題歌】
オープニング：「Together2008」／あきよしふみえ
エンディング：「風のメッセージ（PokaPoka-VERSION.）」／水橋舞
【製作】
テレビ東京、メディアネット、小学館プロダクション

サトシたちは旅の途中、テンガン山のふもとでナナカマド博士（声：家弓家正）が主催するポケモンサマースクールへ参加することに。サマースクールは様々なところからトレーナーたちが集まり、1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちとふれあい学ぶところ。そしてそれぞれのトレーナーは赤組、青組、緑組に別れクラス対抗で得点を競い合う。初日のプログラムは、みんなの自己紹介も兼ねて、ナナカマド研究所で管理しているモンスターボールを１つずつ選び、選んだポケモンと仲良くなってお互いにポケモンバトルをすること！！でもどんなポケモンがパートナーになるかは選んだモンスターボール次第。サトシが選んだモンスターボールは…？

【出演者】
サトシ：松本梨香、ピカチュウ：大谷育江、ヒカリ：豊口めぐみ、タケシ：うえだゆうじ、ムサシ：林原めぐみ、コジロウ：三木眞一郎、ニャース：犬山イヌコ、ポッチャマ：小桜エツ子、ナナカマド博士：家弓家正、シンジ：古島清孝、ナレーション：石塚運昇

【シリーズ構成】
冨岡淳広
【脚本】
武上純希
【総監督】
湯山邦彦
【監督】
須藤典彦
【主題歌】
オープニング：「Together2008」／あきよしふみえ
エンディング：「風のメッセージ（PokaPoka-VERSION.）」／水橋舞
【製作】
テレビ東京、メディアネット、小学館プロダクション

サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の1本道で“あひるポケモン”のコダックたちに遭遇。ところが道を通ろうとするサトシたちは、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまう。なんとかして道を通りたいサトシたちはバトルを挑むが、コダックたちの力を合わせた攻撃にまるで歯が立たない。その時サトシは、この通せんぼするのには何か理由があるのではないか考え、コダックたちに気づかれないように、グライオンと一緒に上空から道の反対側へ偵察にいくことに。すると、そこには別のコダックたちが何かを大切に守っている姿が…。果たしてコダックたちが守ろうとしているものはいったい何なのか？

【出演者】
サトシ：松本梨香、ピカチュウ：大谷育江、ヒカリ：豊口めぐみ、タケシ：うえだゆうじ、ムサシ：林原めぐみ、コジロウ：三木眞一郎、ニャース：犬山イヌコ、ポッチャマ：小桜エツ子、ナナカマド博士：家弓家正、シンジ：古島清孝、ナレーション：石塚運昇

【シリーズ構成】
冨岡淳広
【脚本】
武上純希
【総監督】
湯山邦彦
【監督】
須藤典彦
【主題歌】
オープニング：「Together2008」／あきよしふみえ
エンディング：「風のメッセージ（PokaPoka-VERSION.）」／水橋舞
【製作】
テレビ東京、メディアネット、小学館プロダクション