サトシたちはポケモンコンテストが行われるソノオタウンにたどりついた。そこは美しい花が咲き乱れる街で、花にまつわる不思議な伝説が語り継がれていた。そんな中、「ポフィン作り教室」が開かれると知ったヒカリは、サトシたちにも参加を勧める。ポフィンとは木の実からつくるポケモンのおやつで、コンテストを目指すポケモン達に与えると、いろんな効果が得られるのだという。“ブーケポケモン”ロズレイドが花の世話をするフラワーショップで、一行はさっそくポフィン作りにチャレンジするが、その姿を見つめるあやしい影が・・・。

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇

「ミカルゲの要石！」
サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった石を積みあげた塔に激突してしまう。
すると突然あたりが薄暗くなり、吹き飛んだ石のひとつに雷が命中する。なんとその石は要石で、そこから、ふういんポケモンのミカルゲが現れた。襲い掛かるミカルゲから何とか逃れ、サトシたちは近くの村に立ち寄る。そこで村人から、悪さをしていたミカルゲを、ピカチュウをつれた波導使いが石で作った御霊の塔に封印してくれたという大昔の伝説を聞く。封印をといてしまった事を知ったサトシたちは責任を感じ、再びミカルゲを封印するために立ち上がるのだが・・・。

「ビーダルは知っていた！」
サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。どうやら、あと三日で橋を完成させなければ橋開通のイベントに間に合わないのだが、石橋作り名人の頭領がぎっくり腰で動けなくなってしまい作業が止まっているらしい。代わりに、設計士が石橋作りの指揮を、イシスさんが石橋の石の切り出しを担当しているのだが、石切り職人“ビーバーポケモン”のビーダルが全く働いてくれないで困っているとの事。そこでサトシたちは石の切り出しを手伝うことに。でも、今まで仕事をさぼったことの無いビーダルが働かない理由って一体？

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇

旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミ（声・早水リサ）と再会したヒカリたち。そして、次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットする。そこで、ヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。ヒカリは次のコンテストが初めての出場になるブイゼルで、ノゾミと練習を、隣ではサトシがタケシとジム戦に向けてエイパムとヒコザルでトレーニング中。すると、エイパムとブイゼルは、お互いの練習が気になって自分たちのトレーニングに身が入らない様子。そんな時、ノゾミが、エイパムとブイゼルを交換したらどうかと提案してきた。果たしてサトシとヒカリは提案に対し、一体どんな答えをだすのだろうか？

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇

旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダー・ナタネ（声・本多知恵子）の姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ、ナタネの提案でサトシたちは、ナタネとコジロウ相手にタッグバトルをする事に。そこで、ナタネはコジロウに、サボネアには強くなる素質があるのに、才能を引き出せていないことを指摘し、私に預けないかと提案を持ちかける。コジロウはそれをきっかけに、サボネアと猛特訓を始める。ボロボロになりながらも、ひたむきにトレーニングを続けるサボネア。しかし、中々結果が出ないことに、自信をなくすコジロウ。そんな時、ナタネが再びコジロウの前に現れた！

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇

次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇

二回戦にもヒコザルを投入し、なんとか準決勝に進出したサトシとシンジだったが、ヒコザルのバトルに納得できず、ついにシンジはヒコザルを逃がすことに。それを見ていたサトシは一緒に旅をして強くなろうと声をかけ、ヒコザルをゲットする。タッグバトル大会ではヒカリ、コウヘイ（声・水戸耕三）のタッグが、早くも3回戦に勝利し、ファイナル進出が決定。また、タケシ、ホノカ（声・小笠原亜里沙）ＶＳサトシ、シンジの３回戦では、シンジの一方的なバトルで勝利する。タッグとしてまったくかみ合わないサトシ、シンジのタッグはついに、ファイナルでコンビネーションが抜群のヒカリ、コウヘイのタッグと対戦！果たしてファイナルを制するのはどっちのタッグか？そして、ファイナルでサトシが選ぶポケモンとは？

【出演者】
サトシ：松本梨香
ピカチュウ：大谷育江
ヒカリ：豊口めぐみ
タケシ：うえだゆうじ
ムサシ：林原めぐみ
コジロウ：三木眞一郎
ニャース：犬山イヌコ
ポッチャマ：小桜エツ子
ナナカマド博士：家弓家正
シンジ：古島清孝
ナレーション：石塚運昇